La principal diferencia del cáncer infantil con el de adultos es que en la mayoría de los casos de cáncer de adulto la causa es por estilos de vida no saludable (se reconocen como factores de riesgo  la falta de ejercicio físico, la mala alimentación, el consumo de alcohol, tabaco y la  exposición a agentes cancerígenos); mientras que en los niños los hábitos no juegan un papel relevante. Debido a esta ausencia de factores de riesgo es que se dificulta la prevención.

En los niños, el cáncer se produce cuando existe algún daño en una célula producto de mutaciones o alteraciones del material genético. Y, entonces, los mecanismos que lo regulan se pierden y da origen a grupos celulares defectuosos, sin responder a las normas de toda célula sana. En los niños, estos daños no son heredados y se producen al azar en el proceso normal del crecimiento celular. Sucede generalmente en edades tempranas, incluso antes de nacer. Existe una asociación entre los que nacen con  síndromes con alguna alteración genética y/o cromosómica  y el riesgo de desarrollar cáncer, como es el caso del Síndrome de Down que se asocia a mayor riesgo de desarrollar leucemia.